Dann wird das Erreger in die Zellen durch Pinocytose aufgenommen, über die Zellmembran übertragen oder mit der Zellmembran fusioniert. Bei der Unbeschichtung wird das Kapsid abgebaut, so dass die Erbinformation des Erregers freigesetzt wird. Charakteristisch für diese Zeit ist die Herstellung von Virusproteinen und Nucleinsäuren.
Es wird der Apparat der Proteinbiosynthese des Gastorganismus verwendet. Durch die Proliferation von Virusnukleinsäuren kann es zu Virusmutationen kommen, wenn die Erbinformation nicht richtig ist. Sind in einer bestimmten Zahl von Viren in einer Zellkultur enthalten, wird die Zellmembrane zerstört und die Viren werden freigesetzt. Dieser Fortpflanzungszyklus existiert nur in Bakterien phagen; Eukaryoten werden als latente Virusinfektionen bezeichnet.
Die Erbsubstanz des Erregers wird nach dem Adsorbieren, Eindringen und Entschichten in die Wirbelsäulenzelle eingebaut. In der Zellteilung wird die integrierte Erbinformation des Viruses weitergereicht. Diese Zyklen führen nicht immer zum Tode der Wirtszellen, sondern können zur Degeneration einer Zellen führen, wenn an der Wachstumsregulierung beteiligte Eiweiße durch die Virusgene verändert oder abgeschaltet werden.
Auch auf virale Onkogene wird dann Bezug genommen. Von Knospen ist die Rede, wenn sich nur wenige Viren in einer Zellmembran ausbreiten. Die Eigenschaften der strangulierten Viren sind daher immer eine Umhüllung, die aus Bestandteilen der Zellmembran und Virenproteinen besteht. Häufiges Strangulieren kann zu schweren Zellschäden und letztlich zur Lysierung der Zellen beitragen.
Die Virusvermehrung in Prokaryoten unterscheidet sich dadurch, dass das Kapsid bei der Einspritzung genetischer Informationen in den Organismus oft nicht in die Zellmembran eindringt.