SystemWorks mischt sich jedoch stark in das Gesamtsystem ein - und das ist nicht ohne Nachteile. Für ein Office-Dokument möchte SystemWorks z. B. den Link zur Applikation entfernen. Mit dem Norton CleanUp-Tool, das vermeintlich nur unnütze Datensätze vernichtet, ist es nicht viel besser. Neben den Temporärdateien von Windows und Web Explorer werden aber auch alle gängigen Formate wie z. B. Cookie gelöscht - unabhängig davon, ob der Benutzer dies wünscht oder nicht.
Obwohl er hier auch händisch intervenieren und Exception-Regeln festlegen kann, aber mit mehr als zehn Keksen fängt diese Arbeitsweise an, nervtötend zu werden. Mit der Automatisierung von Norton SystemWorks Basic wird dem Benutzer mehr Probleme bereitet als er davon profitiert. Alternativ: Onboard-Funktionen wie die Windows-Defragmentierung sorgen für eine kostenlose und vor allem nützliche Optimierung.
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